Ngược dòng lịch sử, thời Chúa Nguyễn (1757), vùng đất Thạnh Phú thuộc tổng Tân An, châu Định Viễn, phủ Gia Định. Năm 1808, tổng Tân An thăng thành phủ Tân An, thuộc châu Định Viễn, Gia Định thành, đến năm 1823, đổi thành phủ Hoằng An, trấn Vĩnh Thanh gồm 2 huyện: Bảo An (cù lao Bảo) và Tân Minh (cù lao Minh). Năm 1867, thực dân Pháp chiếm miền Tây Nam Bộ, chúng thành lập tỉnh Bến Tre gồm 2 cù lao Bảo và Minh. Huyện Thạnh Phú nằm trên cù lao Minh, gồm phần lớn đất đai huyện Duy Minh cũ. Thạnh Phú có tên trên bản đồ từ đó.

Thời Pháp thuộc, huyện Thạnh Phú gồm 2 tổng Minh Phú và Minh Trị với 11 làng: Phú Khánh, Đại Điền, Thới Thạnh, Quới Điền, Thạnh Phú, An Thuận, An Thạnh, An Quy, An Nhơn, Giao Thạnh và Thạnh Phong.

Trong kháng chiến chống Pháp, năm 1948, do việc đi lại khó khăn,tỉnh Bến Tre quyết định lập thêm 3 xã Giang Hà, Phan Nhứt Tánh và Thạnh Phú 2. Năm 1951, 3 xã trên được giải thể và trở về nguyên trạng, hai xã An Quy, An Nhơn nhập lại thành xã Quy Nhơn cho đến sau ngày hiệp định Genève (ngày 20 tháng 7 năm 1954) mới tách ra làm đôi như cũ.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, huyện Thạnh Phú thuộc tỉnh Bến Tre, gồm thị trấn Thạnh Phú và 12 xã: An Điền, An Nhơn, An Quy, An Thạnh, An Thuận, Đại Điền, Giao Thạnh, Mỹ An, Phú Khánh, Quới Điền, Thạnh Phong, Thới Thạnh.

Ngày 3 tháng 4 năm 1979, chia xã Thạnh Phú thành ba xã lấy tên là xã Thạnh Phú, xã Mỹ Hưng và xã Bình Thạnh.

Ngày 14 tháng 3 năm 1984, chia xã Thạnh Phong thành hai xã lấy tên là xã Thạnh Phong và xã Thạnh Hải; chia xã Qưới Điền thành hai xã lấy tên là xã Qưới Điền và xã Hòa Lợi; chia xã Đại Điền thành hai xã lấy tên là xã Đại Điền và xã Tân Phong.

Cuối năm 2004, huyện Thạnh Phú có thị trấn Thạnh Phú và 17 xã: An Điền, An Nhơn, An Quy, An Thạnh, An Thuận, Bình Thạnh, Đại Điền, Giao Thạnh, Hòa Lợi, Mỹ An, Mỹ Hưng, Phú Khánh, Quới Điền, Tân Phong, Thạnh Hải, Thạnh Phong, Thới Thạnh.

Trước Cách mạng tháng Tám-1945, đất đai của Thạnh Phú, đặc biệt những vùng ruộng lúa, phần lớn nằm trong tay những địa chủ như Nguyễn Duy Hinh (Phủ Kiển), Hương Liêm, Phó Hoài ở xã Đại Điền, Cai Thì ở xã An Nhơn, Ngô Quang Dung (Chủ Quới) ở xã Giao Thạnh, Ban Phan ở xã An Thạnh...

Ngày nay, toàn bộ giai cấp bóc lột đã bị truất phế, nhưng những chứng tích như nhà cửa, lăng mộ đồ sộ, nguy nga xây dựng bằng mồ hôi, nước mắt của nông dân vẫn còn đó như một biểu tượng của sự bóc lột, chiếm đoạt tàn ác.

Nhân dân Thạnh Phú có truyền thống yêu nước chống xâm lược khá vẻ vang. Nhiều người dân Thạnh Phú đã có mặt trong các đội nghĩa quân chống Pháp của Bến Tre từ những ngày đầu chúng đặt chân đến vùng đất cù lao này. Mảnh đất Thạnh Phú, năm 1946 được mang vinh dự là nơi xuất phát của chuyến vượt biển đầu tiên của đoàn đại biểu Bến Tre ra miền Bắc gặp Bác Hồ và Trung ương Đảng, mở đường chi viện của Trung ương cho miền Nam. Tiểu đoàn 307 nổi tiếng là đơn vị "đánh đâu được đấy, oai hùng biết mấy" của thời 9 năm Kháng chiến chống Pháp đã làm lễ xuất quân đầu tiên trên đất Đại Điền, Thạnh Phú.